质量计划书的三层次文件包括：质量手册、程序文件和作业文件。质量手册阐述了公司的质量政策、目标和程序，程序文件详细规定了各个部门的质量职责和流程，而作业文件则具体阐述了如何执行这些质量计划。
质量手册是公司质量管理的指导方针，阐明了为达到公司质量目标所需要的方法和程序。它包括了对质量管理的定义、方针、目标、职责、权限、程序和责任等方面的规定。
程序文件详细规定了各个部门的质量职责和流程，包括检验、测试、流程、文档控制等方面。这些程序文件为各个部门提供了指导，使它们能够按照公司的质量计划开展活动。
作业文件则具体阐述了如何执行公司的质量计划。它包括了对作业过程的描述、作业要求、作业方法、作业工具和作业结果的评估等方面的规定。
通过质量计划书的三个层次文件，公司能够确保其质量管理的有效实施，从而提高产品和服务的质量，满足客户的需求。